工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成 @/.员发现，击晕)?(后喂了神%/奇的药水*!，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的$阿笠+^-^+博士，(博/士为他度身打造%[不少间谍武器。为了防止犯罪
;\团伙对他进行报复，新 ^一决`%定!@隐姓埋;)名，=暗中追查他.)们，希望能得到解\药。一日，新一 的女友* 毛利兰来到了,[=阿%/笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新-*一情:急之下编造了自己名叫江[,户 ;川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一/名\*私家侦=探，新一可以籍着和他一起四出办案一起.=%追/ (查黑夜人的,?下落。柯南在小学认^识步?/美 等小学生，^他们一起,组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！