1999年，某个东西被% ]卡_车运$+出了馆山市。几天/*,后，哥斯拉登陆了)_`馆山，

特生自卫队出动与之展开-
了苦战。在,战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害 `;#死 ?了战友叶山二尉（森末慎二 饰` ），自己却侥:\. 幸活了下来，)$并被派去了资#$料科。　　另一方面，日本政府在柘(植真智子首相.- （水野久美 饰）,@的指挥下，召集了^\汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始@研究对,付哥斯拉的G兵器。他们以在馆_.山冲挖掘出来@的:!初代==%哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械%^哥斯拉——3式机龙。柘植首%相)辞
职*)，由科学技+%术厅]]长官五.十岚隼人（中尾彬 ,
饰）#)(,就任新首相。同\?^时，茜被派去了机]-龙队，担任机龙的操作员。　　就在%(准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙!=,赶赴现场与 `哥斯,\拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体!;内的野兽灵魂，突;$=然)[暴+=走:?，在城市中造成 -@了+)`=大破坏。　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，!使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由@于对再@^次暴$走的担忧，五十#岚迟迟不允(许出动机龙。　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路
]无+ 视特[-生自.?卫队的攻击/来到了]品川，令城市变成了[
;一^,片火海。面对_如-[`(此情景，五十岚终于同意让机龙出动。　　为了打败%,;,^哥斯拉，机龙被送到了品川 。,)(茜也抱着必死的觉悟。机龙$和茜的战斗/\就这样开始了。